Die letzte Eiszeit hat für den Standort von Einhaus gute Voraussetzungen geschaffen, als sich ein gewaltiger Gletscher parallel zum Ratzeburger See in die Landschaft gegraben hat. Nach dem Abschmelzen der Eismassen blieb das Einhaus-Fredeburger-Trockental zurück. Hier, auf der Kuppe des Tales in westlicher Richtung, wurde das Dorf angelegt.
Das Gebiet um Ratzeburg wurde wahrscheinlich ab der jüngeren Steinzeit (ca. 4000 – 1800 v. u. Zt.) besiedelt. Nach der antiken Völkerwanderung (ca. 365 – 568 n. d. Zeitenwende), die auch das Ratzeburger Umland betraf, siedelten sich Gruppen aus dem Osten an. Dies führte zu einer dauerhaften Bevölkerung dieses Landstriches. Es wurden allerdings immer wieder Auseinandersetzungen über die politische Vorherrschaft und die Christianisierung zwischen den Slawen und den sächsischen Herzögen geführt, die um die Jahrtausendwende dann in den Slawenaufständen gipfelten. Das Ansveruskreuz am Einhäuser Zeltplatz erinnert an die Steinigung des Abtes Ansverus und seiner 18 Mönche vom Kloster St. Georg im Jahre 1066, die in diesem Zusammenhang erfolgte. Erst unter Heinrich dem Löwen beruhigte sich die Lage wieder.
Einhaus wurde 1194 zum ersten Mal urkundlich im Isfriedischen Teilungsvertrag als „Ad unam domum“ (an einem Hause) erwähnt. In diesem Vertrag wurde durch Bischof Isfried die Abgabe des Zehnten an die Ratzeburger Mönche geregelt.
Bis in das 19. Jahrhundert hinein gehörte Einhaus zu wechselnden Fürsten- und Herrscherhäusern – Slawen, Askaniern, Dänen, Franzosen und schließlich zu Preußen. Die Folgen der Naziherrschaft und des 2. Weltkrieges veränderten auch die Lebensverhältnisse in Einhaus. Es wurden viele Flüchtlinge aufgenommen, die seit den ersten Bombardierungen von Lübeck und Hamburg und später nach Kriegsende eine neue Heimat suchten. Die Bevölkerung wuchs stark, es mussten Wohnungen, Nahrung und Arbeit gefunden werden. Einhaus vergrößerte sich seit diesen Jahren deutlich auf heute ca. 400 EinwohnerInnen. Ein weiterer Umbruch erfolgte 1989/1990, als die deutsch-deutsche Grenze fiel und Einhaus seitdem nicht mehr am Rand von Deutschland, sondern „mitten drin“ liegt.
Von diesen und vielen anderen politischen Umbrüchen ist Einhaus mal mehr, mal weniger betroffen gewesen. Auch technische Neuerungen wie beispielsweise der Bau der Eisenbahnstrecke Lüneburg–Lübeck betrafen Einhaus unmittelbar, da sie das Dorf in zwei Teile schnitt. Eine zweite Strecke, die „Kaiserbahn“ Berlin-Kiel, streifte Einhaus im Süden. Sie wurde in den 70ger Jahren des 20. Jahrhunderts stillgelegt.
Eines der ältesten Häuser ist die (ehemalige) Gaststätte „Zum Zoll“. 1450 wurde es als „tom enenhuse“ in einer Urkunde erwähnt und gab Einhaus so wahrscheinlich seinen Namen. Bis ca. 1744 handelte es sich nur um ein Zollhaus, dann baute Johann Hinrich Schaffner aus Pogeez dort auch ein Wohnhaus, von dem aus er seiner Tätigkeit als Wegegeldeinnehmer nachgehen konnte. Es liegt an der „Alten Salzstraße“, der wichtigsten Nord-Süd-Verbindung des Mittelalters für den Handel. Nicht nur für Wagen und Frachten musste Zoll gezahlt werden, sondern auch für Tiere. Für ein Schwein musste ein Wegegeld von 3 Pfennigen bezahlt werden, nahm man es aber auf die Schulter, wurde kein Geld fällig, da ein Fußgänger kostenlos passieren konnte. Ab 1789 durfte dort auch eine Gastwirtschaft betrieben werden. Seit 2001 ist es wieder ein Wohnhaus.
Den bäuerlichen Charakter, den Einhaus bis Ende des 2. Weltkrieges sicher hatte, finden wir heute nicht mehr. Zwar gibt es noch einen landwirtschaftlichen Betrieb, aber die BewohnerInnen von Einhaus arbeiten größtenteils außerhalb. Trotz vieler politischer, wirtschaftlicher und struktureller Veränderungen wird in Einhaus großer Wert darauf gelegt, eine gute Dorfgemeinschaft zu erhalten.